医生可根据病史、典型症状、体格检查、实验室检查和影像学检查等作出诊断。患儿为早产儿或低出生体重儿，有感染、缺氧、喂养不当等病史。出现腹胀、呕吐、腹泻或便血，伴有呼吸暂停、心动过缓、嗜睡、皮肤青紫等症状。查体腹部膨隆、腹肌紧张、肠鸣音减弱或消失。血常规提示白细胞增高或明显降低，血小板减少。C-反应蛋白、降钙素原明显增高；大便常规潜血阳性；血、粪细菌培养阳性。典型X线影像可见：肠胀气、肠壁囊样积气、门静脉积气、腹膜外积气或胃壁积气、腹腔积液或气腹影等。