确诊先天性食管闭锁需要进行食管造影、X线检查、食管镜检查等。食管造影、X线检查通过食管碘剂造影或X线摄片检查食管闭锁所在的部位及有无气管食管瘘的存在。食管镜检查通过内镜可直观看到食管闭锁的部位，可用于确诊。