一些其他疾病也可能会出现进食时难以下咽、呼吸困难等类似的症状，容易与先天性食管闭锁混淆，这些疾病有神经性吞咽困难、胃食管反流等。如果出现上述类似的症状，需要及时去医院就诊，请医生进行检查和诊断。医生主要通过病史、食管造影、X线检查、食管镜检查等排除其他疾病，做出诊断。