主要通过手术治疗。手术是治疗本病的根本措施。确诊后应尽早施行手术，纠治畸形，术前应注意适量补液，纠正脱水和电解质失衡。合并感染时术前可使用抗生素防治感染。术前需要防治吸入性肺炎，保持正常体温。术前需要使用细导管持续负压吸出食管内分泌物。有肺部炎症或肺不张时，需要维持通气功能和吸氧。