确诊婴幼儿消化不良主要依靠血常规、粪便隐血试验、X线钡剂造影检查、CT、彩超等。X线钡餐检查、CT、彩超用于排除脏器器质性疾病。血常规提示有无感染。粪便隐血试验无特异性，可为消化道恶性肿瘤早期诊断的一个筛选指标，排除恶性肿瘤。其他检查体表胃电图检查、胃动力检测等也可用于小儿消化不良的辅助诊断。