小儿消化不良主要采用一般治疗、药物治疗。一般治疗改善患儿生活方式，调整饮食结构和习惯。去除与症状相关的可能发病因素，提高缓解症状的能力。药物治疗促动力药多巴胺受体拮抗剂甲氧氯普胺，具有较强中枢止吐作用，可增强胃动力。5羟色胺受体激动剂，如枸橼酸莫沙必利，可明显改善早饱、腹胀等症状。抗酸及抑酸药已广泛应用于消化不良的治疗。目前临床上常用的抗酸剂有铝碳酸镁、复方氢氧化铝、碳酸钙口服混悬液等，可以缓解症状。根除幽门螺杆菌感染虽然幽门螺杆菌感染与小儿消化不良的发病和症状间的关系尚不确定，但临床上对于伴幽门螺杆菌感染的消化不良患儿仍建议进行根除幽门螺杆菌的治疗。有研究表明对于幽门螺杆菌阳性的患儿，用奥美拉唑及抗生素根除幽门螺杆菌治疗后可使部分患者症状得到长期改善，比单一使用奥美拉唑疗效好。其他药物对抑酸和促动力治疗无效、且伴明显精神心理障碍患儿，可适当给予抗焦虑、抗抑郁药。精神心理调整医生应该具备足够的同情心、耐心。给予一定的行为治疗、认知治疗或心理干预，可以配合使用一些安慰剂，大部分症状会随着时间的推移而改善。对抑酸和促动力治疗无效，伴有明显精神心理障碍的患儿，需要心理科医生协助诊治。