炎症性肠病的病因和发病机制尚未明确，已知肠道黏膜免疫系统异常反应所导致的炎症过程在炎症性肠病发病中起重要作用。目前认为这是由多因素相互作用所致，主要包括环境、遗传、感染与肠道菌群和免疫等因素。环境因素这里将患者的肠道比作“温室里的花朵”，外界环境变得越来越清洁，儿童期肠道免疫系统接受的外源刺激减弱，形成的“免疫耐受”就会不完善，其后对肠道抗原刺激的“风吹雨打”便经受不起。遗传因素目前认为，炎症性肠病不仅是多基因病，而且也是遗传异质性疾病（不同人由不同基因引起），患者可在一定的环境因素作用下，刺激到该遗传基因而发病。感染与菌群因素有研究认为炎症性肠病是针对自身存在的肠道菌群的异常免疫反应而引起的。免疫因素由于免疫调节紊乱或以上其他因素的持续刺激，患者自身免疫反应表现为过度亢进和难以自限而发病。可能由于免疫反应类型不同，最终导致组织损害的表现不同。