症状较轻的患者，可以通过饮食调理和药物治疗来缓解症状，控制疾病进展。对于有症状和（或）并发症的炎症性肠病，主要依靠手术治疗。此外还有一些其他治疗方法尚处于研究阶段。一般治疗强调饮食调理和营养补充，主张少渣、高糖、高蛋白、低脂饮食。适当补充叶酸、维生素B12等多种维生素及微量元素。药物治疗氨基水杨酸制剂：氨基水杨酸制剂对控制轻、中型活动期患者有一定疗效，主要适用于病变局限在结肠者。糖皮质激素：是控制病情活动最有效的药物，适用于本病活动期。活动性强的可加用氨基水杨酸制剂或免疫抑制剂。免疫抑制剂：对于糖皮质激素治疗效果不佳或糖皮质激素依赖的慢性活动期患者，加用此类药物可减少糖皮质激素的用量甚至可停用。手术治疗并发完全性肠梗阻、瘘管与脓肿形成、急性穿孔或不能控制的大量出血时，需要行紧急手术治疗。对于瘘管与脓肿形成的患者，如果无明显症状，一般不需要手术。当因内瘘造成严重腹泻、营养障碍时需及早手术。其他治疗有证据表明服用鱼油胶囊可以减轻溃疡性结肠炎的症状，延长克罗恩病的缓解期。但人们需要进行更大规模的研究来确认这些早期的结果。目前人们即将研制出治疗克罗恩病的新药，比如一种来自基因工程的抗体，被称作英夫利昔单抗的药物。这种药物能中和造成炎症的物质从而帮助治愈克罗恩病的瘘管。