自身免疫性疾病的病因不明。部分自身免疫性疾病为自身抗原的出现，如隐蔽抗原的释放、自身抗原发生改变等。部分自身免疫性疾病起源于免疫调节异常、交叉抗原、遗传因素。如多克隆刺激剂的旁路活化，TH₁/TH₂细胞功能失衡、链球菌感染等。