治疗方法有药物治疗和肝移植治疗。治疗的总体目标是获得肝组织学缓解、防止肝纤维化进展、防止发生肝衰竭，进而延长患者生存期，提高其生活质量。药物治疗泼尼松和硫唑嘌呤联合使用，适用于以下患自身免疫性肝炎的患者：绝经后妇女、骨质疏松、脆性糖尿病、肥胖、痤疮、情绪不稳及高血压病人。大剂量泼尼松单独使用，适用于合并血细胞减少、巯基嘌呤甲基转移酶缺乏、妊娠、恶性肿瘤的自身免疫性肝炎患者。非肝硬化的自身免疫性肝炎患者，医生可能会使用布地奈德治疗。医生还可能会用甘草制剂，来保肝抗炎。肝移植治疗对于药物治疗无效的患者，可以采取肝移植治疗，移植后5年生存率可达80%。