布加综合征的主要危害为肝脏及肾脏损害，根据其分期不同，危害程度不一。急性期：有不同程度的肝脏功能损害，重症患者会出现休克或肝功能衰竭迅速死亡。亚急性期：约有1/3的患者出现黄疸和脾大。慢性期：病期甚长者，有脾大和食管静脉曲张，甚至呕血和黑粪，重症患者有下肢静脉曲张，甚至足踝部发生营养性溃疡，双侧下肢静脉压升高。后期病变波及肾静脉后，可出现蛋白尿，甚至表现为肾病综合征。