卵巢早衰的治疗方法有药物治疗和手术治疗。药物治疗雌孕激素替代治疗（HRT）：雌孕激素替代治疗对于年轻的卵巢早衰患者来说非常重要，既可以缓解低雌激素症状及泌尿生殖道萎缩，又可以预防远期并发症。预防骨质疏松治疗：除雌孕激素替代治疗外，每天保证1200mg的钙摄入，可以使用维生素D类药物，并进行适当的体育锻炼。促排卵治疗：一般用雌孕激素替代治疗（HRT）或促性腺激素释放激素拟似剂（GnRHa）抑制内源性促性腺激素至较低水平后，用足量的hMG/hCG，可以促进排卵。使用脱氢表雄酮（DHEA）：DHEA是合成雄烯二酮、睾酮、雌二醇的重要物质，DHEA的含量高低可以影响这些激素的水平。手术治疗包括赠卵胚胎移植术和卵巢移植术，是目前对于出现早衰又有强烈的妊娠愿望的病人的、具有吸引力的治疗，但同时面临很移植术后的相关问题。