肾囊肿主要依靠手术治疗，另外还有一些其他的治疗方法。手术治疗常用的手术方式分为以下两种：腹腔镜下肾囊肿去顶减压术对于有症状，或者囊肿直径大于4厘米以上的肾囊肿，首选腹腔镜下肾囊肿去顶减压术治疗，具有创伤小、痛苦少、术后恢复快、遗留瘢痕小等优点。开放肾囊肿去顶减压术对于没有腹腔镜设备的医院，也可以行开放肾囊肿去顶减压术。其他治疗经皮肾囊肿穿刺抽液硬化治疗，因治疗后复发率高，目前临床很少应用。对于直径小于4厘米的单纯性肾囊肿，需要长期观察。如果囊肿稳定，不做任何治疗。