跖疣的治疗主要采用物理治疗、外用药物治疗、皮损内注射及口服药物治疗。物理治疗包括冷冻、电灼、刮除和激光等，这些都是有效的治疗方法，且见效快，缺点是治疗时患者有一定痛感。外用药物治疗适用于不能或不愿进行物理治疗的患者，简便易操作，且无痛苦，但见效较慢。常用药物有0.05%～0.1%维A酸软膏、氟尿嘧啶软膏、3%酞丁胺霜、咪喹莫特等。皮损内注射适用于难治性跖疣，效果一般，患者有一定痛苦。常用药物有平阳霉素和干扰素。目前尚无特效的口服药物，因此口服治疗效果较差，可试用免疫调节剂（如干扰素、左旋咪唑等）。