医生根据临床表现、细胞培养法检查、原位杂交法检测等诊断沙眼。临床表现：WHO要求诊断沙眼时至少符合下述标准中的2条：上睑结膜5个以上滤泡；典型的睑结膜瘢痕；角膜缘滤泡或Herbert小凹；广泛的角膜血管翳。细胞培养法被认为是检测沙眼衣原体的金标准。原位杂交法检测宫颈或直肠活检标本中沙眼衣原体DNA，可明显提高检测敏感性，且可用于鉴定其种及血清型，可用于诊断。