温州医科大学附属第二医院有学院路院区、南浦院区、瓯江口院区三个院区，其中：
学院路院区位于浙江省温州市鹿城区学院西路 109 号。
南浦院区位于浙江省温州市鹿城区划龙桥路 306 号。
瓯江口院区位于浙江省温州市洞头区瓯石路 666 号。
