泉州市妇幼保健院·儿童医院是一所三级甲等妇幼保健院,设有以下科室:
妇科、产科、儿科、新生儿科、小儿外科、小儿胸心外科、小儿神经内科、小儿呼吸内科、小儿消化内科、小儿内分泌遗传代谢科、儿童保健科、妇女保健科、儿童康复科、眼科、口腔科、皮肤科、麻醉科、药剂科、检验科、影像科、病理科等临床保健医技科室。
福建省儿童医疗救治泉州分中心、泉州市产前诊断中心、泉州市新生儿疾病筛查中心、泉州市儿童急救中心、泉州市妇幼保健培训中心均挂靠在本院。