南京市第一医院即南京市心血管病医院、东南大学附属第一医院,临床科室设置齐全,有心血管内科、内分泌科、呼吸内科、消化内科、神经内科、肾内科、老年医学科、肿瘤科、血液科、感染病科、普外科、心胸外科、心血管外科、泌尿外科、神经外科、骨科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、麻醉科、疼痛科、急诊科、中医科、康复医学科、检验科、药剂科、放射科、病理科、超声诊断科、核医学科、输血科、营养科等。
其中,心血管内科、心胸外科、心血管外科、眼科、皮肤科是南京市医学重点专科。