内蒙古自治区妇幼保健院设有以下科室：
妇科、产科、儿科、新生儿科、小儿胸心外科、小儿普外科、小儿泌尿外科、小儿神经外科、小儿骨科、小儿呼吸内科、小儿消化内科、小儿神经内科、小儿内分泌遗传代谢科、小儿心内科、小儿血液肾病科、小儿感染消化科、儿童保健科、妇女保健科、眼科、口腔科、皮肤科、中医科、乳腺科、营养科、麻醉科、检验科、超声科、病理科、药剂科等。
