浙江大学医学院附属口腔医院设有17个临床科室，其中4个国家临床重点专科，12个浙江省临床重点学科。具体如下：
牙体牙髓科
牙周科
口腔颌面外科
口腔修复科
口腔正畸科
口腔种植科
口腔综合科
口腔预防科
儿童口腔科
口腔领面影像科
口腔领面急诊科
口腔领面麻醉科
口腔领面病理科
口腔领面修复工艺科
口腔领面特诊科
