武汉市中心医院设有心血管内科、呼吸内科、消化内科、神经内科、内分泌科、血液内科、肿瘤科、肾病内科、风湿免疫科、老年病科、感染科、普外科、甲状腺乳腺外科、胃肠外科、血管外科、泌尿外科、肝胆胰外科、胸外科、心脏大血管外科、神经外科、整形外科、骨科、妇科、产科、生殖医学科、儿科、小儿外科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、医疗美容科、中医科、康复医学科、疼痛科、麻醉科、急诊科、重症医学科、检验科、输血科、放射科、超声影像科、核医学科、病理科等科室。