沂水县人民医院现设有42个临床医技科室，其中包括心血管内科、神经内科、消化内科、呼吸内科、内分泌科、肾内科、血液内科、肿瘤科、感染性疾病科、普外科、胸外科、神经外科、泌尿外科、骨科、妇科、产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、麻醉科、急诊科、重症医学科、康复医学科、中医科、疼痛科、检验科、影像科、超声科、病理科、输血科、高压氧科、营养科、内镜室、生殖医学科、司法鉴定所、查体科等。
