福建中医药大学附属康复医院设有以下科室:
康复医学科:是国家中医药管理局“十二五”重点学科、国家临床重点专科、国家中医药重点学科、国家中医药管理局重点研究室、福建省康复医学临床研究中心、福建省康复技术重点实验室、福建省科技创新平台康复技术研发团队。
针灸科:是国家中医药管理局“十二五”重点学科、国家临床重点专科、国家中医药重点学科、国家中医药管理局重点研究室、福建省康复技术重点实验室、福建省科技创新平台康复技术研发团队。
推拿科:是国家中医药管理局“十二五”重点学科、国家临床重点专科、国家中医药重点学科、国家中医药管理局重点研究室、福建省康复技术重点实验室、福建省科技创新平台康复技术研发团队。
骨伤科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(颈椎病)、福建省骨伤科康复技术培训基地、福建省中医药继续教育基地、福建省中医药学会针刀医学分会挂靠单位、福建省中西医结合学会骨伤科微创分会挂靠单位。
内科:是以中医为主、中西医结合治疗内科疾病的临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(脾胃病)。
外科:是以外科手术为主,结合中医中药治疗外科疾病的临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(疮疡)。
妇产科:是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(不孕症)。
儿科:是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(小儿泄泻)。
眼科:是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(内障眼病)。
耳鼻喉科:是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(喉痹)。
口腔科:是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(牙痛)。
皮肤科:是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(湿疹)。
肛肠科:是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(痔病)。
急诊科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(外感发热)。
治未病科:是集医疗、教学、科研为一体的综合性临床科室,是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(未病)。
麻醉科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(麻醉)。
重症医学科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(中风)。
老年病科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(老年病)。
康复治疗科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(康复)。
营养科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(营养)。
检验科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(检验)。
影像科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(影像)。
病理科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(病理)。
药剂科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(药剂)。
核医学科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(核医学)。
输血科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(输血)。
高压氧治疗科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(高压氧)。
精神心理科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(精神心理)。
疼痛科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(疼痛)。
姑息治疗科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(姑息治疗)。
睡眠医学科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(睡眠)。
传统康复科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(传统康复)。
康复评定科:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(康复评定)。
健康管理中心:是福建省中医重点专科、福建省中医重点专病(健康管理)。