上海中医药大学附属曙光医院西院设有以下科室：
肝病科
肾病科
心内科
脑病科
肺病科
内分泌科
肿瘤科
骨伤科
推拿科
肛肠科
普外科
胸外科
泌尿外科
妇产科
儿科
眼科
耳鼻咽喉科
口腔科
皮肤科
麻醉科
急诊科
检验科
放射科
超声科
病理科
药剂科
营养科
心身科
特需科
感染科
老年科
体检中心
