上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心设有以下科室：
血液肿瘤科
心血管内科
心胸外科
肾脏风湿科
肝脏外科
神经外科
内分泌科
呼吸科
耳鼻咽喉头颈外科
眼科
口腔科
皮肤科
中医科
康复科
临床营养科
检验科
影像诊断科
药剂科
特诊部
上海市儿童保健所
上海市儿童康复中心
