贵州医科大学附属医院设有临床医学研究院和32个临床学科,包括呼吸与危重症医学科、心血管内科、神经内科、血液内科、消化内科、肾脏内科、内分泌科、肿瘤科、感染病科、风湿免疫科、普通外科、神经外科、胸外科、心脏大血管外科、骨科、泌尿外科、烧伤整形外科、整形外科、妇科、产科、儿科、小儿外科、眼科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔科、皮肤科、中医科、康复医学科、麻醉科、疼痛科、重症医学科、急诊科、临床营养科、核医学科、医学影像科、检验科、病理科、输血科等。