中国医学科学院肿瘤医院设有 33 个临床科室，包括头颈外科、胸外科、腹部外科、妇瘤科、骨与软组织科、乳腺外科、中医科、内镜科、麻醉科、特需医疗部、影像诊断科、检验科、病理科等。此外还有 7 个医技科室、5 个基础研究科室、15 个中心实验室、5 个全国性研究基地。
