华中科技大学同济医学院附属同济医院设有心血管内科、血液内科、呼吸内科、消化内科、内分泌内科、神经内科、肾病内科、风湿免疫科、感染科、普通外科、胆胰外科、胃肠外科、血管外科、泌尿外科、器官移植外科、骨科、手足外科、小儿外科、胸外科、心血管外科、神经外科、泌尿外科、烧伤整形科、妇科、产科、生殖医学科、计划生育科、儿科、小儿外科、儿童保健科、眼科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔科、皮肤科、中医科、康复医学科、麻醉科、疼痛科、肿瘤科、放射治疗科、检验科、核医学科、超声影像科、病理科、输血科、临床药学部、法医司法鉴定所等科室。