沈阳医学院附属第二医院设有心血管内科、呼吸内科、神经内科、消化内科、内分泌科、血液内科、肾内科、风湿免疫科、肿瘤内科、儿科、妇产科、普外科、神经外科、泌尿外科、胸外科、肿瘤外科、乳腺外科、血管外科、手足外科、肛肠外科、骨科、整形外科、疼痛科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、感染科、中医科、康复医学科、麻醉科、急诊科、检验科、放射线科、CT磁共振科、电诊科、病理科、药学部等科室。
