福建中医药大学附属第二人民医院临床科室齐全,有脑病科、心血管科、骨伤科、肛肠科、皮肤科、肾病科、内分泌科、脾胃病科、呼吸科、老年科、普外科、泌尿外科、胸外科、神经外科、妇科、产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、康复科、急诊科、重症医学科、麻醉科、针灸科、推拿科、治未病科等。
医院还开设了心理咨询门诊、睡眠医学门诊、疼痛门诊、中医特色护理门诊等特色门诊。医技科室有影像科、检验科、超声科、病理科、核医学科等。
此外,医院还有体检中心、营养科、制剂室等部门,为患者提供全面的医疗服务。