南通市肿瘤医院南院设有以下科室：
肿瘤内科
肿瘤放疗科
肿瘤妇科
肿瘤外科
介入治疗科
中西医结合科
麻醉科
急诊科
检验科
病理科
影像科
核医学科
超声诊断科
药剂科
内镜中心
肺结节诊疗中心
头颈肿瘤诊疗中心
放疗中心
微创治疗中心
