首都医科大学附属北京康复医院设有高压氧科、神经康复中心、骨科康复中心、心肺康复中心、疼痛康复科、中医康复科、内一科、内二科、内分泌科、普外科、泌尿外科、妇产科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、皮肤科、中医正骨科、麻醉科、检验科、放射科、超声科、药剂科等科室。
