上海市眼病防治中心设有以下科室：
眼科临床部：白内障防治科、青光眼科、眼底病内科、玻璃体视网膜疾病学科、视光学与斜弱视学科、眼表疾病学科、眼眶肿瘤科、眼整形美容科。
医技科室：药剂科、检验科、放射科、超声诊断科、心电图室。
职能科室：院办公室、党委办公室、纪委办公室、组织人事科、财务科、审计科、科教信息科、总务科、设备科、保卫科。
