齐齐哈尔医学院附属第三医院共开设42个临床科室、8个医技科室。其中,心血管内科、消化内科、内分泌科、呼吸内科、血液内科、神经内科、肾内科、风湿免疫科、肿瘤一科、肿瘤二科、放疗科、儿科、新生儿科、急诊科、重症医学科、感染性疾病科、康复科、中医科、皮肤科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、精神心理科、麻醉科、疼痛科、妇科、产科、计划生育科、生殖医学科、男性科、介入科、腔镜科、碎石科、检验科、放射线科、CT磁共振科、电诊科、病理科、药学部、营养科等科室。