北京妇产医院东院设有以下科室：
妇科微创中心
妇科肿瘤科
计划生育科
中医科
麻醉科
手术室
生殖医学科
男科
内科
外科
乳腺科
妇保科
儿保科
营养科
检验科
超声科
病理科
药剂科
病案室
医保办公室
客服部
