上海交通大学医学院附属瑞金医院卢湾分院设有以下科室：
临床科室：消化内科、神经内科、心血管内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、普外科、心胸外科、泌尿外科、骨科、神经外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、中医科、康复医学科、麻醉科、急诊科。
医技科室：药剂科、检验科、放射科、超声医学科、病理科、营养科、检验科、输血科、核医学科。
