齐齐哈尔医学院附属第一医院共开设54个临床科室、9个医技科室。其中，重点科室包括：
心血管内科：是省重点建设学科、省领军人才梯队、省高校重点实验室、齐齐哈尔市重点学科及重点专科。
消化内科：是省重点建设学科、齐齐哈尔市领军人才梯队。
神经内科：是省重点建设学科、齐齐哈尔市领军人才梯队。
普外科：是齐齐哈尔市重点学科。
神经外科：是齐齐哈尔市重点学科。
骨外科：是齐齐哈尔市重点学科。
