山东中医药大学附属眼科医院设有白内障科、青光眼科、眼底病科、斜视与小儿眼科、角膜病科、眼外伤科、眼眶病与眼整形科、眼表疾病科、内科、外科、屈光手术科、医学验光配镜中心等临床科室。同时医院还设有检验科、影像科、功能检查科等医技科室。