齐齐哈尔医学院第一附属医院共开设52个临床科室、9个医技科室。其中,心血管内科、神经内科、消化内科、呼吸内科、内分泌科、血液内科、肾内科、风湿免疫科、感染内科、普通外科、心胸外科、神经外科、泌尿外科、骨科、烧伤整形科、妇科、产科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、皮肤科、感染科、急诊科、重症医学科、中医科、康复医学科、疼痛科、介入科、检验科、放射线科、CT磁共振科、超声科、电诊科、病理科、核医学科、药剂科、麻醉科、手术室、输血科、营养科等科室。