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首都医科大学附属北京妇产医院北京妇幼保健院东院设有以下科室：
妇科微创中心
妇瘤科
计划生育科
生殖医学科
中医科
内科
外科
乳腺科
眼科
口腔科
皮肤科
麻醉科
检验科
超声科
病理科
放射科
药剂科
病案科
医保办公室
计划生育技术服务科
儿童保健科
妇女保健科
营养科
健康教育科
信息统计科
院办公室
人事处
财务处
后勤处
保卫处
设备处
院感处
教育处
医患办
保健部
围产医学部
妇女保健部
计划生育技术服务部
生殖医学部
乳腺病防治中心
妇科微创中心
妇科肿瘤科
麻醉科手术室
产房
新生儿科
病理科
药剂科
检验科
影像科
超声科
心电图室
病案室
营养科
感染管理科
保健部
健康教育科
信息统计科
院办公室
人事处
财务处
后勤处
保卫处
设备处
院感处
教育处
医患办
保健部
围产医学部
妇女保健部
计划生育技术服务部
生殖医学部
乳腺病防治中心
