北京大学口腔医院(魏公村总院)设有口腔颌面外科、口腔正畸科、口腔修复科、牙体牙髓科、牙周科、儿童口腔科、口腔预防科、口腔黏膜科、口腔种植科、口腔麻醉科、口腔急诊科、口腔病理科、检验科、药剂科、放射科、病理科等临床科室和医技科室。