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桂林市妇女儿童医院是一家以妇产科、儿科为专科特色，集医疗、保健、科研、教学、预防为一体的国家三级甲等妇幼保健院和爱婴医院，其科室设置如下：
妇科
产科
儿科
新生儿科
小儿外科
儿童保健科
妇女保健科
中医科
口腔科
眼科
耳鼻喉科
麻醉科
检验科
药剂科
病理科
影像科
功能检查科
消毒供应室
病案室
营养科
遗传实验室
产前诊断中心
儿童康复科
青春期保健科
妇女营养科
乳腺外科
生殖医学中心
小儿神经内科
小儿心血管内科
小儿呼吸内科
小儿消化内科
小儿血液内科
小儿肾病内科
小儿内分泌遗传代谢科
小儿风湿免疫科
小儿神经康复科
儿童重症医学科（PICU）
新生儿疾病筛查科
检验科（遗传实验室）
药剂科（静脉药物配置中心）
