矮小症的鉴别诊断主要是鉴别病因，全身各个系统的慢性疾病（如寄生虫病、结核病等）、内分泌疾病（如晚发的甲状腺功能减退症、垂体性侏儒等）、家族遗传性矮小、青春期发育缓慢等，均可能会引起身材矮小，容易误诊。及时就诊请医生帮助确定诊断是最简单也是最高效的做法。