经过药物或手术治疗后，多数的肛瘘都能治愈。肛瘘患者经过手术治疗后，多数人都能治愈。高位复杂性的肛瘘，或者术中内口不明确、支管较多的肛瘘患者，术后有复发的可能。部分肛瘘患者手术后肛门括约肌会受到影响，从而出现控便异常。