肛瘘如不及时治疗，会影响正常排便、影响工作和生活、影响周围器官，还可能会发生癌变。影响正常排便复杂性的肛瘘长期不愈，可能引起肛门、直肠周围的组织纤维化，影响肛门括约肌的舒张和收缩，造成肛门狭窄，出现排便困难、排便不尽感。影响正常生活肛门周围皮肤瘙痒或疼痛、肛门周围有分泌物流出、排便疼痛等，会给日常生活带来极大的不便。影响周围脏器肛瘘反复发作，可能会蔓延到周围器官，出现直肠阴道瘘、直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘等疾病。可能癌变肛瘘反复发作，会导致炎症长期刺激局部皮肤，有发生癌变的可能。