一般行手术治疗，如果伴有感染，术前需使用抗生素控制感染后再行手术治疗。如果患牙仍能保留，需行根管治疗以及根尖切除术来保留患牙。如果骨质破坏过大，可能发生骨折者，可行开窗减压术。上颌骨囊肿范围过大波及上颌窦或手术时穿通，需同时行上颌窦根治术，术后注意引流，可从下鼻道引流。颌骨囊肿摘除后，骨腔不必填塞其他材料，任血液充满、凝固、机化、骨化。血外渗性囊肿仍宜采用手术治疗，以免日久波及有关牙根。对血友病引起的外渗性囊肿，需在手术前后进行血友病的相关处理，如给予血友病球蛋白注射等。